2021年6月1日，陕西省市场监督管理局发布关于9批次食品不合格情况的通告（2021年第21期）。
通告显示，西安盒马网络科技有限公司长安第一分公司销售的标称青岛考拉克贸易有限公司委托海阳市弘日升油脂有限公司生产的万家泉牌烘焙原榨花生油，1批次过氧化值不符合产品标准规定。初检机构为上海市质量监督检验技术研究院。
西安盒马网络科技有限公司长安第一分公司对检验结果提出异议，并申请复检，经西安市产品质量监督检验院复检后，维持初检结论。
过氧化值主要反映产品中油脂被氧化程度。《食品安全国家标准 坚果与籽类食品》（GB 19300—2014）中规定，开心果、杏仁、扁桃仁、松仁、瓜子中过氧化值最大限量值为0.80g/100g；《花生油》（GB/T 1534—2017）中过氧化值最大限量值为6.0mmol/kg。
过氧化值超标的原因，可能是产品储存条件控制不当，导致油脂过度氧化；也可能是原料储存不当，导致脂肪过度氧化，使得终产品过氧化值超标。
值得注意的是，据不完全统计，今年内，盒马鲜生因所售食品不合格，已数次被北京、上海等地市场监管部门通告，涉及水产品、蔬菜、食品等产品。此外，今年4月，盒马还因被曝使用前一天的日日鲜牛奶做冰淇淋而引发舆论关注。
2021年5月21日，北京盒马所售天津莎家邦食品公司烟熏鸡肉金枪鱼沙拉被检出大肠菌群不合格。
据北京市市场监督管理局发布关于2021年食品安全监督抽检信息的公告（2021年第23期）显示，标称天津莎家邦食品生产有限公司生产，北京盒马网络科技有限公司永定门外分公司经营的烟熏鸡肉金枪鱼沙拉（200克/盒、20201117、），大肠菌群不符合产品明示标准，检验结果为1.7×10⁶;1.3×10⁶;2.8×10⁶;3.1×10⁶;4.2×10⁵CFU/g，标准值为n=5,c=2,m=10⁴,M=10⁵CFU/g。
大肠菌群是国内外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中检出大肠菌群，提示被肠道致病菌污染的可能性较大。《冷链即食食品》（Q/04SJB01）对冷链即食食品中的大肠菌群规定同批次5个独立包装产品中大肠菌群检测结果不允许有超过105 CFU/g的，且至少3个包装产品检测结果不超过104 CFU/g。
2021年4月30日，北京盒马所售宁化府老醋被检出菌落总数超标。
据北京市市场监督管理局发布了关于2021年食品安全监督抽检信息的公告（2021年第20期）显示，标称太原市宁化府益源庆力诚醋业有限公司生产，北京盒马网络科技有限公司十里堡分公司经营的宁化府精酿老醋（酿造食醋，生产日期：20200616），菌落总数检测值为9.9×10²;1.1×10³;1.8×10⁴;4.9×10³;1.3×10³(CFU/mL)，标准规定为n=5,c=2,m=10³,M=10⁴(CFU/mL)。
菌落总数是指示性微生物指标，主要用来评价食品清洁度，反映食品在生产过程中是否符合卫生要求。
根据太原市市场监督管理局发布的《关于9批次不合格食品风险控制及核查处置公告》，太原市宁化府益源庆力诚醋业有限公司共生产批次为2020年6月16日的宁化府精酿老醋（酿造食醋）产品2418瓶，经排查，该批次产品的出厂检验报告显示为合格产品，不合格的原因是由于销售商北京盒马网络科技有限公司十里堡分公司储存不当造成的，并受到北京市朝阳区市场监督管理局的行政处罚；而宁化府益源庆力诚醋业按要求履行了进货查验、索证索票等义务，依据相关条款，对其不予行政处罚。
2021年3月31日，上海盒马所售梭子蟹被检出镉超标。
据上海市市场监督管理局发布的2021年第12期省级食品安全抽检信息显示，盒马鲜生（上海盒马网络科技有限公司）销售的红膏梭子蟹（散装，生产日期/批号：2020/11/18），镉(Cd)检测值为4.9mg/kg，标准规定为不大于0.5mg/kg。
淘宝淘鲜达-盒马鲜生上海189店销售的红膏梭子蟹（散装，生产日期/批号：2020/11/19），镉(Cd)检测值为2.8mg/kg，标准规定为不大于0.5mg/kg。
镉是最常见的重金属元素污染物之一。《食品安全国家标准食品中污染物限量》（GB 2762—2017）中规定，镉在鲜、冻水产动物的甲壳类中最大限量为0.5mg/kg。镉对人体的危害主要是慢性蓄积性，长期大量摄入镉含量超标的食品可能导致肾和骨骼损伤等。
2021年3月19日，北京盒马所售"久久丫"微辣鸭肠被检出菌落总数大肠菌群双超标。
据北京市市场监督管理局发布关于2021年食品安全监督抽检信息的公告（2021年第14期）显示，标称三河市新久百食品有限公司生产，北京盒马网络科技有限公司红莲南路分公司经营的微辣鸭肠（微辣）（120克/盒、20200604），菌落总数、大肠菌群不符合食品安全国家标准，菌落总数(CFU/g)检验结果为1.1×10⁶;1.7×10⁶;4.7×10⁵;6.5×10⁶;1.8×10⁶，标准值为 n=5,c=2,m=10000,M=100000;大肠菌群(CFU/g)检验结果为9.5×10⁴;9.2×10⁴;1.5×10⁵;1.5×10⁵;4.0×10⁴，标准值为n=5,c=2,m=10,M=100。
菌落总数是指示性微生物指标，主要用来评价食品清洁度，反映食品在生产过程中是否符合卫生要求。《食品安全国家标准 熟肉制品》（GB 2726）对预包装的熟肉制品（发酵肉制品类除外）中的菌落总数规定同批次5个独立包装产品中菌落总数检测结果不允许有超过105 CFU/g的，且至少3个包装产品检测结果不超过104 CFU/g。
大肠菌群是国内外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中检出大肠菌群，提示被肠道致病菌污染的可能性较大。《食品安全国家标准 熟肉制品》（GB 2726）对熟肉制品中的大肠菌群规定同批次5个独立包装产品中大肠菌群检测结果不允许有超过102 CFU/g的，且至少3个包装产品检测结果不超过10 CFU/g。
2021年2月10日，北京盒马所售、顺鑫控股旗下公司所产黄豆芽被检出植物生长调节剂。
据北京市市场监督管理局发布的关于2021年食品安全监督抽检信息的公告（2021年第9期）显示，标称北京顺鑫华顺源农业科技发展有限公司生产，北京盒马网络科技有限公司丽泽桥分公司经营的黄豆芽（200g/盒、20200706），6-苄基腺嘌呤（6-BA）不符合国家相关规定，检验结果为0.0157，标准值为不得检出。
6-苄基腺嘌呤（6-BA）是植物生长调节剂。主要用于防止落花落果、抑制豆类生根，并能调节植物株内激素的平衡。但由于其对人体有一定积累毒性，《原国家食品药品监督管理总局、原农业部、原国家卫生和计划生育委员会关于豆芽生产过程中禁止使用6-苄基腺嘌呤等物质的公告》（2015年第11号）规定豆芽生产经营过程中禁止使用6-苄基腺嘌呤。
2021年1月15日，重庆盒马所售散装辣椒被检出镉超标1倍。
据重庆市市场监督管理局发布的关于2397批次食品安全抽检情况的通告（2021年第2号）显示，成都盒马鲜生网络科技有限公司重庆九街分公司销售的辣椒（散装），经重庆市计量质量检测研究院检验发现，其中镉（以Cd计）检测值为0.11mg/kg，标准规定为不大于0.05mg/kg。
成都盒马鲜生网络科技有限公司重庆九街分公司对检验结果提出异议，并申请复检；经重庆海关技术中心复检后，维持初检结论。
2021年1月13日，上海盒马生产的原味烘烤混合坚果被检出霉菌不合格。
据上海市市场监督管理局发布的2021年第2期省级食品安全抽检信息显示，标称上海盒马网络科技有限公司生产的原味烘烤混合坚果（规格：1.1kg/罐，生产日期：2020-09-04）霉菌不合格，检验结果为60CFU/g，标准值为≤25CFU/g。
霉菌是丝状真菌的俗称，意即“发霉的真菌”，霉菌可能在食品中产生毒素，即霉菌毒素，对人体健康造成安全风险。食品中水分含量和环境温湿度是影响霉菌繁殖与产毒的主要条件。
2021年4月26日，有网友发布视频爆料称，盒马员工使用前一天的日日鲜牛奶做冰淇淋。
4月27日，盒马方面回应称这是降低生鲜商品损耗的举措之一。同时解释称，日日鲜牛奶保质期7天，在盒马只售一天，制作的冰淇淋也是限量销售，可保证新鲜。